W Indonezji jest ponad 10 % światowych gatunków roślin: 40 000 różnorodnych gatunków z 3 000 różnych rodzin. Jest tu 300 rezerwatów przyrody na 120 000 km2, co stanowi 6,5 % obszaru lądowego Indonezji.

Indonezyjską florę i faunę można podzielić na dwie grupy. Pierwsza, obejmująca wyspy zachodnie, charakteryzuje się typowo azjatyckimi gatunkami. Druga, obejmująca wschodnie wyspy, to typowe australijskie gatunki.

Szeroki wachlarz zwierząt to ssaki, ptaki, gady, ryby słodkowodne i morskie. Na wyspie Komodo (między Flores a Sumbawą) jest istny "Park Jurajski". To właśnie tu żyją słynne warany z Komodo – ogromne jaszczurki, prawdopodobnie jedyni żyjący kuzyni dinozaurów. Co ważne – wyspa jest otwarta dla turystów.
Na Sumatrze można wyróżnić około 5 000 gatunków ssaków, spośród których warto wspomnieć o tygrysach, orangutanach, słoniach oraz nosorożcach jawajskich.
Słodkowodne delfiny, małpy długonose oraz kangury drzewne żyją na Kalimantanie. Na Sulawesi żyją jelenie, dziki, bawół Anoa, czarne makaki, a na południu wyspy także wyraki.
Warto też zauważyć, że w Indonezji żyje około 1 500 gatunków ptaków, między innymi kazuary (należą do nielotów), kakadu oraz kolorowe papugi.

Park Narodowy Ujung Kulon na Zachodniej Jawie to siedlisko nosorożca jawajskiego, gibonów, krokodyli oraz bezrogich jeleni.

Cibodas lub Mt. Gede – Pangrango to rezerwat górski. Mieści się tu ogród botaniczny, niepowtarzalny Wodospad Cibeureum a ponad to można tu spotkać jawajskie gibony.

Park Narodowy Bromo – Tengger na Wschodnie Jawie to obszar wulkaniczny z niesamowitymi krajobrazami. Niezapomnianą atrakcją może być podróż na kucyku przez wulkaniczną pustynię oraz wspinaczka na szczyt góry Bromo.

Park Narodowy Komodo na Zachodniej Nusatenggara to dom dla żyjących tu waranów z Komodo.

Rezerwat Tanjung Puting na Południowej Kalimantan to łańcuch ścieżek górskich oraz miejsce życia orangutanów, gibonów, makaków i krokodyli.

W rezerwacie Tangkoko – Batuangus na Północnej Sulawesi żyją makaki czarne, wyraki oraz dzioborożce celebeskie. Ponadto są tu kratery wulkanów i gorące źródła.

Morski Rezerwat Bunaken, naprzeciw miasta Manado, jest jednym z najlepszych praków morskich w Indonezji z prawie prostopadłymi ścianami.

Morskie Sanktuarium Blonko mieści się niedaleko Manado na Północnej Sulawesi. Jest tu także nadbrzeżna wioska.

Park Narodowy Gunung Halimun leży 50 kilometrów od Bogoru na Zachodniej Jawie. Oferuje turystykę górską i leśną.

Jati Luwih, 50 km od Denpasar na Bali, to odosobniona wioska górska. Dostać się tam można jedynie drogą lądową.

Kasongan, 20 km od Yogyakarty, wyróżnia się wyrobem ceramiki i garncarstwem.

Nias, 125 km na południowy – zachód od Północnej Sumatry, to centrum sportów morskich. Dostać się tam można drogą powietrzną z Medanu, następnie promem.

Nusa Lembongan niedaleko Bali oferuje turystykę typowo lokalną i morską.

Panglipuran to tradycyjna wioska hinduska. Leży 65 km od lotniska w Denpasar na Bali.

Tenganan znajduje się 85 km od lotniska Denpasar. Jest to wioska, w której można zaobserwować układ klasowy społeczeństwa.